مراحل کارکرد درگاه پرداخت اینترنتی به بیان ساده به صورت زیر است:
- مشتری، محصول یا خدماتی را در وبسایت پذیرنده انتخاب کرده و با کلیک برروی دکمه خرید یا دکمه‌ای مشابه آن به صفحه پرداخت (که یک صفحه تحت دامنه شاپرک است) ارجاع داده می‌شود و اطلاعات لازم (شامل شماره کارت، رمز دوم و کد اعتبارسنجی یا CVV2) را وارد می‌کند.
- داده‌های مشتری رمزگذاری شده و ابتدا به PSP فرستاده می‌شود.
- داده‌های تراکنش توسط PSP به بانک صادرکننده کارت ارسال می‌شود.
- پس از احراز هویت موفقیت آمیز، درخواست توسط بانک صادرکننده (با توجه به سرمایه موجود در حساب مشتری) تایید و یا رد می‌شود.
- در نهایت، پاسخ احراز هویت توسط PSP به وبسایت پذیرنده (فروشگاه اینترنتی) ارسال می‌گردد.
- پول از حساب دارنده کارت کسر شده و در اختیار شاپرک قرار می‌گیرد.
- شاپرک در سیکل‌های مشخص مبالغ را به‌صورت تجمیعی به حساب پذیرنده در بانک مقصد واریز می‌کند.
تمام مراحل ۱ تا ۶ در زمانی حدود ۲ الی ۵ ثانیه اتفاق می‌افتد.